De costumbres gregarias y sedentarias, suelen pasar la mayor parte del día descansando en el agua para protegerse de la elevada temperatura ambiental que les puede secar rápidamente su delicada piel. Generalmente, se encuentran dentro de ríos, lagos y balsas de lodos en grupos de hembras y jóvenes, más o menos compactos, con los machos –que son muy agresivos y, por lo tanto, de comportamiento más individual– situados a su alrededor. Las peleas, extremadamente violentas, forman parte de la vida cotidiana de este animal, y es normal que los machos presenten cicatrices espectaculares producidas por los enormes colmillos de los contrincantes, que pueden alcanzar hasta 50 cm de largo.

A pesar de sus costumbres prácticamente anfibias, no pueden resistir demasiado tiempo inmersos en el agua sin respirar (5/6 minutos como máximo). Por eso, cuando se les molesta, pueden subir a la superficie sin ser vistos, dejando que solo sobresalgan las narinas para respirar, los ojos y las orejas. También se pueden sumergir silenciosamente y subir a la superficie en un punto diferente del río.

Cuando al atardecer baja la temperatura, los grupos de hipopótamos salen del agua por rutas prefijadas y se dirigen hacia los territorios de alimentación, donde se quedan alimentándose durante toda la noche.