El Jardín de la biodiversidad es un espacio diseñado para favorecer la fauna autóctona que vive en la ciudad de Barcelona. Un lugar tranquilo y con la menor perturbación humana posible para garantizar su correcto mantenimiento. En este espacio visitantes y animales pueden encontrar diferentes tipos de comederos y cajas nido en los que los animales que lo visitan pueden alimentarse, refugiarse e incluso reproducirse.

También hay un pequeño lago rodeado de cañizo y otros tipos de vegetación natural donde se reproducen las tres especies de anfibios más comunes que viven en el recinto del Zoo: la rana común, el sapo y la ranita meridional.