Els pingüins de Humboldt, com totes les espècies de pingüins, són ocells adaptats a la vida marina que han perdut la capacitat de volar i que, en canvi, són nedadors excel·lents. S'han adaptat quasi del tot a la vida aquàtica, ja que pràcticament només surten a terra durant l'època de reproducció. En consonància, les ales han esdevingut aletes i la forma del cos és hidrodinàmica. El plomatge és molt dens i impermeable, amb tres capes de plomes distribuïdes uniformement per tot el cos, per no oferir resistència a l'aigua i per protegir el cos del fred i la humitat. Les potes estan situades molt enrere i tenen els tres dits davanters units per una membrana interdigital. El bec és fort i amb les vores esmolades, com també la llengua, d'aparença espinosa, adaptacions que els permeten capturar millor els crustacis, cefalòpodes i peixos dels quals s'alimenten.