El Jardí de la biodiversitat és un espai dissenyat per afavorir la fauna autòctona que viu a la ciutat de Barcelona. Un indret tranquil i amb la menor pertorbació humana possible per garantir-ne el manteniment correcte. En aquest espai, visitants i animals poden trobar diferents tipus de menjadores i caixes niu on els animals que el visiten es poden alimentar, refugiar-se i, fins i tot, reproduir-se.

També hi ha un petit llac envoltat de canyís i altra vegetació natural on es reprodueixen les tres espècies d’amfibis més comunes que viuen al recinte del Zoo: la granota verda, el tòtil i la reineta meridional.